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支撐部門
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所級公共技術中心
所公共技術中心成立旨在進一步規範和加強大型共用儀器設備及公用實驗室的管理 ，實現大型儀器設備資源共享和整合 ，保障儀器設備的正常運轉和合理高效使用 ，培養和鍛煉一支具有高素質高技術的專業團隊,更好地服務和支撐研究所科研工作 。
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所公用實驗室
為了提升科研支撐水平 ，研究所整合原各學科特種公共實驗室 ，設立所公用實驗室 ，包括放射性同位素室 、公用儀器室 、氫化實驗室和病原微生物實驗室四部分組成 ，服務全所的科研活動 。
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實驗動物室
上海藥物研究所實驗動物室是新藥臨床前實驗研究的技術支撐平台 ，重點為我所藥物安全性評價 、藥效學評價 、藥物代謝評價等研究技術平台 ，開展治療惡性腫瘤 、心腦血管疾病 、神經精神性疾病 、代謝性疾病 、自身免疫性疾病等藥物開發研究提供動物實驗的條件保障和相關的技術服務 。
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學術期刊聯合編輯部
學術期刊聯合編輯部出版《中國藥理學報》和《亞洲男性學雜誌》 。
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家庭用藥編輯部
《家庭用藥》雜誌創刊於2001年 ，是由中國科學院主管 、中科院上海藥物研究所和上海市藥理學會主辦的一份醫藥保健科普雜誌 。以「依靠專家 ，面向百姓 ，傳播醫藥保健科普知識」為辦刊宗旨 ，以「求醫問藥 、防病治病 、養生保健」為主要內容 ，邀請具有豐富臨床經驗的醫藥學專家親自撰稿 ，為家庭讀者及各類慢性病患者的求醫問藥和日常保健提供豐富信息和權威指導 。
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標本室
標本室創建於1932年 ，所採集收藏的標本均源於研究所70多年來各課題科研項目的留樣 ，總量達11萬份 。
