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研究部門
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藥物靶標結構與功能中心
本中心主要圍繞與重大疾病相關的藥物靶點（主要為G蛋白偶聯受體為代表的重要膜蛋白藥靶） ，研究和鑑定新型藥物靶標的三維結構 ，發現靶向重要藥物靶標的化學小分子配體 。 經過10年的發展 ，中心已成為國內領先 、國際前沿的藥物靶標結構生物學技術平台 ，同時擁有一支在GPCR研究領域具有重大國際地位和影響力的一流的研究團隊 。 結合藥物所的優勢研究方向 ，圍繞「出新藥」的戰略要求 ，中心將更多更好地解析與重大疾病相關的藥物靶標結構 ，為人類健康的新藥研究做出重要貢獻 。
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藥物發現與設計中心
藥物發現與設計中心（Drug Discovery and Design Center ，簡稱DDDC）成立於2000年 ，前身為上世紀70年代組建的量子化學課題組 。中心以創新藥物靶標發現和先導結構的發現與設計優化為目標 ，開展相應的理論方法發展及應用研究 ，主要包括藥物設計學 ，計算生物學 、生物信息學 、基於新一代人工智能與大數據的藥物設計 、基於重要疾病靶標的藥物發現及設計等方面的基礎及應用研究 ，部分成果現已進入產業化開發階段 。中心研究成果曾獲國家自然科學獎二等獎 ，陳凱先院士 、蔣華良院士等曾獲得何梁何利科學與科技進步獎 、中國青年科學家獎 、中國藥學會突出貢獻獎等獎項 。
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化學生物學研究中心
化學生物學是利用外源化學手段 ，在分子層面上對生命體系進行精準的識別 、闡釋 、修飾和調控的交叉學科 ，在新藥發現研究中發揮源頭創新的作用 。本中心的研究聚焦1）化學生物學新技術和新方法的建立及其在新藥發現研究中的運用 ，例如生物質譜技術 ，核酸編碼化合庫篩選技術 ，基因密碼子擴展技術 ，新穎生物催化反應等；2）揭示並闡明生物大分子及其新型修飾的調控因子等在疾病中的作用 ，並發現小分子對相關調控蛋白質以及生物大分子相互作用進行化學干預 。這些研究將為生物學研究提供化學工具 ，同時促進新靶標驗證和先導化合物的發現及其向臨床研究的推進 。
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藥物代謝研究中心
藥物代謝研究中心秉承「改進技術服務 ，助力新藥研發」的理念 ，開展藥物代謝和藥動學研究和技術服務 ，在平台建設 、新藥臨床前ADME試驗 、新藥臨床藥動學和代謝試驗 、製劑生物等效性和藥動學評價以及藥物代謝基礎研究和人才培養等方面 ，取得了很大進展 。參與研發新藥260餘種 ，其中已經有15種被我國批准上市 ，160餘種被批准開展臨床試驗 。
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藥物安全評價研究中心
藥物安全評價 中心通過了國家食品藥品監督管理局組織的 GLP 認證以及挪威認證公司進行的 ISO 9001 ∶ 2000 質量管理體系認證 ，建立了符合國際標準的藥物安全評價研究體系 ，為判斷新藥能否進入人體的臨床試驗和最終能否上市提供可靠的安全性實驗依據 。中心的主要功能為 ：提供藥物安全評價服務 、提供藥物安全評價技術平台和諮詢服務 、建立各種藥物安全評價模型 、研究藥物安全評價技術和方法 、開展毒性機理研究 。
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藥物製劑研究中心
藥物製劑研究中心由5個課題組組成 ，現有研究人員50餘人 ，其中高級研究人員17人 ，包括973計劃首席科學家1人 ，傑青3人 ，優青2人等 ，擁有國家基金委創新群體和科技部重點領域創新團隊 。
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藥物質量控制與固體化學研究中心
質控中心專注於支撐創新藥物的固體化學與質量控制的研發 。研究內容包括理化性質表征 ，配方前成藥性評價 、雜質分佈研究 ，固體化學篩選與表征研究 ，含量測定 ，穩定性評價和質量標準制訂等 。中心建立了完善的高通量固體篩選平台和評價體系 ，為藥物設計與生產工藝 、藥劑開發 、藥理評價 、安全性評價與藥代研究提供了重要的質量保證 。參與創新藥物的質量研究35項 ，固態化學研究150餘項 ，其中已經有32項獲得臨床批件 。
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結構表征研究中心
結構表征研究中心包括周虎研究員課題組（質譜）和張乃霞研究員課題組（核磁共振） ，現有團隊成員30餘人 ，主要開展有機化合物的理化表征和結構鑑定 、生物大分子的空間結構和動力學行為表征 、蛋白質與配體的相互作用解析 、以及基於質譜的蛋白質組學等方向的研究工作 。近5年內 ，兩個團隊在Cell 、Cancer Letters 、European Journal of Medicinal Chemistry 、iScience等學術期刊發表SCI論文100餘篇 。
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分子影像中心
分子影像中心主要從事診療藥物研發 ，實驗動物活體成像 ，同時針對新藥研發中的靶點確認 、藥代動力學及療效評估等進行實時 、系統的研究 。目前已建立小動物活體成像平台 、顯微鏡成像平台和分子細胞生物學評估平台 ，配備的大型儀器有大小動物PET/CT（聯影 ，西門子） 、MRI（9.4T ，布魯克）等 。研究領域涉及放射性藥物化學 、藥物代謝分析 、化學生物學 、分子影像學 、藥理學及儀器開發等 ，為新藥開發提供新方法 、新技術 ，促進新藥的臨床轉化 。
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離子通道研究平台
離子通道是生命有機體保持正常功能的基石之一 ，其功能異常可導致包括神經系統 、心血管系統和內分泌系統疾病等在內的多種疾病 ，是最重要的藥物靶點之一 。
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化學蛋白質組學平台
化學蛋白質組學研究中心的主要工作在於 ，發展和運用以生物質譜為核心的蛋白質組學技術 ，以腫瘤和代謝等重大複雜疾病為研究對象 ，表征蛋白質和蛋白翻譯後修飾並闡明其動態變化規律 ，旨在發現其在疾病發生髮展中的調控機制 ，鑑定個性化生物標誌物和藥物靶標 ，探索疾病精準治療的新策略 。中心建立了包括蛋白表達譜組學 、蛋白翻譯後修飾組學 、組蛋白表觀遺傳修飾組學 、蛋白相互作用組學 、小分子蛋白靶標相互作用組學在內的多維蛋白質組學分析平台 ，以及相應多維組學數據的生物信息學整合分析平台 ，為個性化藥物研究提供了有力的技術保障 。相關研究工作 ，發表在Cell, Nature, Cancer Cell, Cell Stem Cell, Cell Metabolism, Molecular Cell, Nature Communications, Cell Research等諸多國際一流學術期刊 。
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生物信息學平台
本平台以藥物所「出新藥」的戰略規劃為引導 ，結合藥物所的重點研究方向 ，主要從事三大方面研究 ：1）從藥物相關的生物信息大數據中挖掘新藥物靶標和分子標誌物；2）建立藥物相關生物信息數據庫以服務於廣大藥物科學家；3）開發藥物靶標和分子標誌物發現算法 。經過近幾年的發展 ，平台已建立了含有數千個樣本和超100TB原始數據的個性化藥物生物信息數據共享平台（http://bioinfo.simm.ac.cn/） ，開發了癌症驅動突變的算法Accurity和Accucopy ，同時培養和建立了一支能夠自主開發人工智能數學模型的藥物生物信息學團隊 。
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施維雅聯合實驗室
尊龙凯时 - 人生就是搏!-法國施維雅製藥公司聯合生物藥學實驗室成立於2012年3月 。旨在 ：1 、對先導化合物進行早期類藥性質評價 ，從而指導結構優化；2 、應用代謝組學平台對藥理學和臨床疾病中的生物標記物進行研究 。 實驗室主要儀器設備包括 ，超高效液相色譜儀-四級杆-飛行時間質譜儀1台 ，超高效液相色譜儀-三重四級杆質譜儀3台 ，自動化液體處理工作站2台 。