促進創新 、加速轉化 ，成效顯著 、全國領先
　　2015 年以來 ，上海藥物所不斷探索促進科技成果轉化的機制體制改革舉措 ，促進成果轉化實質性提速 ，成為20家「中央級事業單位科技成果使用 、處置和收益管理改革」試點單位中的先進典型 。在圓滿完成中央「三權改革」試點任務的基礎上 ，及時總結改革試點成功經驗 ，結合藥物所發展實際不斷創新機制體制 ，推動成果轉化實質性提速 。2015年至今已有50項科技成果實現轉化 。
　　完善成果轉化管理流程 ，加強內控管理 ，根據創新藥物研發特點 ，制定了符合了比例靈活可選的收益分配方式 ，並充分考慮對退休人員和離職人員的獎勵 ，激發科研人員新藥研發及轉化熱情；支持科研人員與國內外高校 、研究機構 、企業合作開展創新藥物研發 ，進一步促進新藥研發產出效率； 鼓勵科研人員自主創業 ，成立項目孵化公司 ，拓寬科技成果轉化路徑；鼓勵臨床前技術平台延伸創辦技術服務公司 ，提升各平台技術服務能力 。
　　2016 年 ，知識產權轉化運用到賬經費總額位列中科院第一；2018 年 ，全所成果轉化合同額佔中國科學院成果轉化合同總額的23% ，其中以許可和轉讓方式轉化的項目佔中國科學院74%；據《中國科技成果轉化年度報告2019》統計 ，2018年全國高校 、科研院所轉讓/許可/作價投資轉化科技成果合同金額 ，上海藥物所排名第二 。